合同墓や樹木葬などの「合祀」には、色々な形態があります。その形態をしっかりと理解して、そのお寺や霊園に確認するようにしましょう。
わかりやすく説明するため、不適切かも知れませんが以下のように例えて説明しますが予めご了承願います。
（骨壺に入った遺骨をコップに入ったお水、合同墓を大きな水槽と例えます）

■１、一般的な合祀
水槽の中に、Aさんのコップのお水をすべて注ぎ入れます。その後、Bさんのコップの水、Cさんのコップのお水、D、Eと同様に注ぎいれられていくタイプです。

■２、骨壺や骨袋のまま埋葬される合祀
水槽の中に、Aさんの水の入ったコップを「コップごと」水槽に入れます。この時、水もコップの中に入ったまま。その後も、B、C、D、Eと同じようにコップに入ったお水がコップごと水槽に入れられます。尚、コップではなく袋に入れる施設もあります。

■３、合同墓だが区分けされている合祀
水槽に仕切りがしてあり、小さい部屋に分かれているイメージです。そこにコップの水だけを入れたり、コップごといれたりします。合祀や樹木葬と呼ばれても、仕切られているので個人埋葬に近いタイプと言えるかもしれません。

物理的に１は後で遺骨を取り出すことはできませんが、２、３は可能となります。
また、合祀は合同墓のため、お墓に名前の彫刻ができないと思われる方も多いですが、お墓によっては彫刻ができるスペースがあったり、銘板をつけられる場所があったりします。彫刻を希望されない方もいます。